Enstitümüz 6 Ekim 1982 tarih ve 17830 sayılı “Lisansüstü Öğretim Yönetmeliği” ve 3 Mart 1983 tarih ve 17976 sayılı “Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği” ile Rektörlüğümüze bağlı olarak kurulmuştur. Enstitümüz, İstanbul Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı’nda Müdür Prof. Dr. A.Sevim Büyükdevrim, Müdür Yardımcıları Prof. Dr. Nuran Gökhan, Prof. Dr. Perihan Baslo ve Enstitü Sekreteri Zeynep Bozkurt’tan oluşan idari kadro ile göreve başlamıştır. Enstitümüz, 09.11.1982’de diğer kurullarını tamamlamış ve daha sonra yeni kadroların alınmasıyla bugünkü durumuna ulaşmıştır. Enstitümüzden bugüne kadar 2724 yüksek lisans, 2700 doktora, 289 tezsiz yüksek lisans ile kapatılan Fatih Üniversitesinden 440 öğrenci olmak üzere toplam 6153 öğrenci mezun olmuştur. 

Enstitümüz; üniversitemizin 3 fakülte, 3 enstitü, 47 anabilim dalında 60 yüksek lisans, 48 doktora, 2 tezsiz yüksek lisans, 2 İngilizce dilde yüksek lisans olmak üzere toplam 112 programla Lisansüstü çalışmalarını sürdürmektedir. Programlara kayıtlı 718 Yüksek Lisans, 1119 Doktora,  Tezsiz Yüksek Lisans, 43 özel öğrencimiz olmak üzere toplam 1880 öğrenciye 2 öğrenci işleri personeli ile hizmet verilmektedir.
Eğitim Öğretim, İstanbul Tıp, Diş Hekimliği, Eczacılık,  Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma, Onkoloji, Çocuk Sağlığı Enstitülerinde yürütülmektedir.
İstanbul  Tıp Fakültesinde İş Sağlığı ve Güvenliği ile Tıbbi Mikrobiyoloji  Anabilim Dalında Tezsiz Yüksek Lisans eğitimi; Diş Hekimliği Fakültesi Oral Biyoloji ile Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Genetik Anabilim Dalında Biyosağlık Bilişimi Programında İngilizce dilde Lisansüstü eğitim yapılmaktadır. Enstitümüzden bugüne kadar 2724 yüksek lisans, 2700 doktora, 289 tezsiz yüksek lisans ile kapatılan Fatih Üniversitesinden 440 öğrenci olmak üzere toplam 6153 öğrenci mezun olmuştur. Enstitümüz  Beyazıt kampüsü, Bilgi İşlem Daire Başkanlığı'nın yanında yer almaktadır.

MİSYON

Misyonumuz sorumluluk sahibi, bilimsel araştırmalarla toplumun gelişen sağlık ihtiyaçlarına cevap verebilen, amacı yaşam boyu öğrenme olan ulusal ve uluslararası düzeyde bilime katkı yapacak, yaratıcı bilimsel düşünceye sahip alanında yetkin bilim adamları yetiştirmektir.

VİZYON

Ulusal ve uluslararası düzeyde alanında lider, saygın ve yenilikçi bir kurum olmaya çalışmaktır.